四月二十一日，官军再次组织攻城。不过因拜挟持庆王及随府穆来辅等官员，守宁夏镇城，连着攻城一月有余，毫无建树。此时拜又请求于著力克，著力克又组织蒙古各，袭扰宁夏镇边境，大大增加了平叛地难度，明军难以应付，魏学曾在往灵州途中被贼围剿，幸救而得免。

顾秉谦密奏：“李成梁父久镇边关，飞扬扈，不受方镇节制。切勿前门拒狼，后门迎虎。”

猛将兄麻贵到了宁夏，与萧如薰几番组织大军攻城，都未能得手。五月二十九日夜，萧如薰、麻贵乘风纵火，架云梯攻城。叛军以木垒石还击，官军死伤千数。魏学曾见攻不克，遂采用离间计，企图从内突破，未果。

朝中也多有纷议，认为魏学曾乏应变之才，无力剿平祸。浙江御史梅国桢上奏万历帝：“麻贵虽勇却不敌李如松，恳请起用如松，定可收到奇功。”

此次上疏，梅如愿以偿，得到万历帝许可：“奉圣旨，梅国桢就着同李如松前去监军，并纪录功次。”

由于平虏堡参将萧如薰孤城抗贼，名扬西北，万历皇帝得知后十分喜。特别给予丰厚的奖赏，擢升他为宁夏镇副总兵官。

见朝廷重兵云集，拜夫人施氏责备拜有福不享，非要险。承恩大怒将继母施氏一把推跌在地，恨恨而去。拜此时也是忧心忡忡，与许朝等人商议招安一事。

此时万历帝已对魏学曾不满：“堂堂天朝因么么小丑遣兵累月而未奏平，岂不辱国？”

接到圣旨后，李如松如雨般地公文，要各路人，远的来宣府集中，近的原地待命，又任命自己兄弟李如柏为先锋官，李如樟督运粮草，先期开赴前线。

当时李如松为宣府总兵，由于军情急，万历帝急令他为提督陕西讨逆军务总兵官，并选辽东镇，宣府镇，大同镇，山西镇各路人约三万人，由李如松统领，一起前往宁夏镇平叛。李如松也是大明朝中后期唯一一个由武臣担任提督者。

与此同时，甘肃巡抚叶梦熊也主动请缨，愿意协助魏学曾平叛，他可神炮火战车四百辆，苗兵三千，自备粮饷前往宁镇平，皇帝壮其志，命其前往助战。浙江巡抚常居敬也主动请缨，愿自选一千兵前往，也得到朝廷的嘉许。由于山西镇也在兵之列，而山西镇最能打地就是副总兵黄来福麾下地人了，很快，黄来福接到兵地公文，要他兵两千，随同李如松一起战。

几日后，土文秀，许朝二人城商量受降条件。承恩、刘东见官军乏粮饷，遂率骑潜至汉延渠，夺得官军粮饷二百余车，阻断官军补给，叛军士气又燃烧起来。

拜等人不由破大骂，骂这些蒙古人险怯弱，不讲德。不讲诚信，真真是靠不住。骂了半天没办法，众人只得垂丧气地回到宁夏镇城。

到这时候，宁夏叛军外围尽去，三月三十日，李率六路大军完成对宁夏城地包围。

魏学曾久攻不下，于是向万历帝请求以招安为主，平息战。万历帝大怒，特旨擢升萧如薰为宁夏镇总兵官，统一指挥延绥、甘肃、固原诸路征剿大军。又调猛将麻贵为副总兵，带兵前往助战。并赐魏学曾尚方宝剑，有畏敌避战者先斩后奏，并授旨他：“杀知府以下将官不用命者，不必上请”

许朝也是刀砍下桌角，言有降者，便如此桌。当下众叛将歃血盟誓。同生共死。拜又派人带着大批地金银财，鼓动蒙古各落兵。

又表明自己的心迹，：“臣自外吏厕台班，虽怀狗之心，未效涓埃之报。若疑徒市私恩，不顾国计，愿与成梁驰赴宁夏，同心讨贼，不必加以别衔，假以重任。”

魏学曾正愁粮草不继，想要退军就。又担心叛军突围去。投奔蒙古人，那时就遗患无穷。遂将计就计。下令停止攻击。并经常以上司对下属的气，行文斥责拜等人，拜见朝廷还以属相待，更是放

这可是个宣扬五寨堡地好机会，当下黄来福辖的五寨堡和老营堡，都是急动员起来。

四月五日，叛军急开东、北二门，各骑2000城搏战，另派步卒列火车为营，实施防御。官军起攻击。夺叛军火车百余辆，叛军淹死于城壕内无数。此时吊桥未及拉起，延绥副总兵王通带着一个亲兵，名叫丁的好汉，趁机杀北门。不过余者的榆林镇官兵不敢跟，只有王通二人杀城门。土文秀一箭中王通额，那亲兵丁忙将王通救了来，叛军也赶快拉起了吊桥。

万历帝有些犹豫不决，朝议有人认为李成梁父兵权过重，李成梁不宜再握兵权。科臣王德完认为梅国桢举荐失当，存有私心梅国桢为表心迹，自荐愿同李如松前往宁夏平叛，并上疏：“李氏父当防之于辽东握兵之时，而不当防之于废弃离任之后。”

形势不妙，拜招集叛军将领们商议，拜假意将责任都推到自己上，众叛将动。刘东言城内粮草众多。又有几万叛军，只要守城池，就会有奇迹现，同时可以搜罗城内的金银珠宝，再请求河的蒙古落兵。